Die der Jungfrau Maria gewidmete Hängende Kirche (Al-Muallaqa), die noch in Gebrauch ist, wird als Hängende oder suspendierte Kirche bezeichnet, da sie auf dem Wassertor des römischen Babylon errichtet wurde. Steile Treppen führen vom Vorplatz zu einer Fassade aus dem 19. Jahrhundert, die von zwei Glockentürmen gekrönt wird. Dahinter befindet sich ein kleiner Innenhof, in dem sich normalerweise Verkäufer von aufgezeichneten Liturgien und Videos des koptischen Papstes Shenouda III befinden.
Das Innere dieser Kirche aus dem 9. Jahrhundert (manche sagen aus dem 7. Jahrhundert), die im Laufe der Jahrhunderte mehrfach renoviert wurde, verfügt über drei Gänge mit Tonnengewölbe und Holzdach. Mit Elfenbein eingelegte Bildschirme verbergen die drei Haikal (Altarbereiche), aber vor ihnen, auf 13 schlanken Säulen, die Christus und seine Jünger darstellen, steht eine feine Kanzel, die nur am Palmsonntag verwendet wird. Eine der Säulen, dunkler als die anderen, soll Judas symbolisieren. In der Taufkapelle rechts unten wurde eine Tafel aus dem Boden herausgeschnitten, die das Wassertor darunter enthüllt. Von hier aus hat man einen guten Blick auf einen der Zwillingstürme des Tores.